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Alport綜合征根據突變基因的不同存在多種遺傳方式，不同遺傳方式發病概率不同。COL4A5基因突變引起Alport綜合征，下一代發病概率為50%，COL4A3或COL4A4基因突變引起Alport綜合征，下一代患病風險是25%，約80%Alport綜合征都是由COL4A5基因突變引起。COL4A5基因位于X染色體，是以X連鎖顯性遺傳方式進行遺傳，顯性是指只要出現就會產生癥狀，因此下一代有50%概率發病，50%的概率屬于正常。 因為男性只有1條X染色體，因此COL4A5基因的1個拷貝變異足以引起腎功能衰竭和其它嚴重臨床癥狀，如眼睛和聽力異常。女性存在2條X染色體，如果只有COL4A5基因的1個拷貝異常，可能癥狀相對較輕。COL4A5基因是X連鎖遺傳，因此患病父親不會把突變基因遺傳給兒子。還有大約15%的病例是由于COL4A3或COL4A4基因突變引起，一般是以常染色體隱性遺傳方式進行遺傳。患者父母各自攜帶1個突變基因拷貝，父母不發病，每個子女患病風險是25%，有50%的概率是攜帶者，還有25%的概率正常。