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肝膽科比較常見的疾病，包括有肝臟的良性或惡性腫瘤，肝臟的外傷、肝內膽管結石，或者是細菌、寄生蟲感染而導致的感染性疾病而膽道系統疾病，包括膽囊的結石、膽囊炎、膽囊息肉、膽囊腺肌癥，膽道系統的膽管結石包括肝內膽管結石、肝外膽管結石以及膽管癌等，膽囊也可以生長膽囊癌。此外還有膽道損傷，無論是外傷或者是醫源性的膽道損傷，都可以引起膽道的狹窄、膽汁漏或者是黃疸。肝臟的一些先天性的疾病，包括肝內的血管瘤或者是肝內的膽管囊狀擴張癥，以及后天形成的退行性病，包括肝囊腫或者是寄生蟲感染而導致的肝包蟲病。膽道系統也有先天性的膽道閉鎖，先天性膽總管囊腫等。肝膽外科和肝病內科治療的方法存在很大的區別，外科主要是通過外科手術進行干預，肝病內科可以治療像病毒性肝炎、藥物性肝損傷、嚴重的脂肪肝或者是自身免疫性肝病等。