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萎縮性胃炎在臨床的癥狀，沒有特異表現，表現為非特異癥狀，如腹脹、納差、消化不良等。最重要的慢性萎縮性胃炎的診斷，是依據胃鏡檢查以及病理檢查。在胃鏡下可以看到萎縮胃黏膜，表現為紅白相間，但以白為主，黏膜下血管透見，有些地方伴有腸化改變。腸化改變在鏡下可以看到增生樣改變，具體確診要通過內鏡下取活檢。 另外，活檢組織送到病理科進行進一步顯微鏡下觀察，可看到腺體減少、腸上皮化生。萎縮性胃炎也要依據萎縮累及程度進行判斷，因此對于慢性萎縮性胃炎的診斷，要結合胃鏡檢查、病理檢查，有些全胃萎縮的患者，還要考慮有沒有內因子缺乏等。