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因為傷寒桿菌是一種細菌感染疾病，所以最主要就是病原學治療，也就是抗傷寒桿菌治療，也可簡稱為抗菌治療。抗菌治療至少要10-14天，因為傷寒桿菌可以通過單核吞噬細胞系統而到達全身多個臟器，比如肝、脾、淋巴結、骨髓、消化道等，最后需要通過糞便培養判斷是否可以解除隔離，故在抗傷寒治療時療程要長一些，而非體溫正常就可以。 總而言之，對于各種不同感染其療程不一樣，有些療程比較短，但對傷寒而言，至少要10-14天抗感染治療。