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精子異常有可能會導致生化妊娠的發生，但是男方因素不是導致生化妊娠的主要原因。生化妊娠的原因比較多，有可能是胚胎染色體異常，也有可能是跟母親的一些疾病，比如子宮內膜異常，還有某些導致子宮內膜容受性下降的疾病，比如子宮內膜異位癥、宮頸粘連、子宮內膜息肉等。此外，母體免疫系統或者內分泌的異常，也可能會導致生化妊娠的發生，比如抗磷脂綜合征、甲狀腺功能異常。有文獻報道，如男方精液異常，比如少精癥、弱精癥，還有嚴重的畸形精子癥，以及男方精子DNA碎片率升高，也可能會導致生化妊娠的發生率升高。但是男方染色體異常攜帶，比如男方是羅氏易位，或者平衡易位攜帶者，確實會導致生化妊娠的發生。生化妊娠如果發生在2次，或者2次以上，建議夫妻雙方同時做檢查，男方需要查染色體的檢查，此外需要查精液的常規檢查，排除導致生化妊娠的男方因素，因此生化妊娠，可能是由男方因素引起，但并不是最主要的原因。