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脊索瘤來源于胚胎組織殘留脊索，雖然是低度惡性腫瘤，但復發率相當高。現在目前的標準治療是手術盡可能干凈切除腫瘤，加上術后給予高劑量放療，但即使這樣治療處理后，仍有50%病人在5年之內復發。腫瘤一旦復發5年生存率不到10%，預后很差，因此首次治療需要盡可能控制腫瘤。 現在比較熱門的研究是藥物治療，包括靶向治療和免疫治療，但目前這些藥物都在臨床研究階段，并沒有哪種藥物有確定療效能進入指南。常規X線放療目前能取得確定療效，如果是重離子放療，比如快中子、質子放療、碳離子放療可能取得更好療效，但目前數據很少，并不能真正成為指南。