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大便常規的檢查，需要留取較新鮮大便的標本，要求1個小時內的大便標本，觀察大便的外觀，如色澤、有無黏液，有無未消化的食物殘渣、脂肪滴等，再將大便標本做成混懸液，留取上清液，在顯微鏡下進行觀察。顯微鏡主要觀察大便里是否伴有微生物的蟲卵，如蛔蟲卵、絳蟲卵等，判斷是否有細菌和寄生蟲的感染。大便里的細菌、球菌和桿菌的比例，正常情況下桿球比例是10-8∶1，如果此比例發生失調，可能存在腸道菌群紊亂的情況。通過對大便的懸液，做生化、免疫組化的檢測，需要檢測大便里有沒有含有血液的成分，即大便潛血的檢測。現在開發出較多更精細的檢查，如可以通過大便檢測有沒有幽門螺桿菌感染的情況，有沒有其他炎癥的指標升高，如檢測大便的鈣衛蛋白。還可以通過大便查較微量的腫瘤DNA，或某些變異突變的DNA異常，判斷有沒有早期腫瘤的存在。