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肝膽管細胞癌起源于膽管細胞，是原發性肝癌的少見類型。90%原發性肝癌起源于肝細胞，只有5%左右原發性肝癌起源于膽管上皮細胞。雖然都屬于原發性肝癌，但疾病背景有一定差別，通常起源于肝細胞的原發性肝癌患者之前有慢性肝炎、肝硬化等病史，如過去有慢性乙肝，在慢性乙肝基礎上發展到肝硬化，最后發生肝癌。膽管細胞癌起源于膽管上皮細胞，在發病前通常有肝內膽管結石、肝內膽管寄生蟲病，或慢性膽管炎等慢性膽道系統損傷疾病，在此基礎上通常發生肝內膽管細胞癌。上述疾病在治療預后上有所差別，肝膽管細胞癌患者在手術切除后，化療效果不如肝細胞性肝癌。