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通常臨床開具的都是大便的普通培養，即常規培養，主要用來檢出疫區、社區的感染性腹瀉、沙門氏菌、志賀氏菌，即常說的痢疾桿菌。 另外，住院超過三天，有抗生素使用史的腹瀉患者，不能進行普通的大便培養，因為普通大便培養只在需氧環境下，抗生素相關性腹瀉主要由難辨梭菌引起，難辨梭菌是厭氧菌，普通大便培養時可漏檢，應進行難辨梭菌的培養。如果不具備難辨梭菌培養的厭氧環境，要對大便進行難辨梭菌毒素的檢查，判斷是否為抗生素相關性腹瀉，即偽膜性腸炎引起的腹瀉。