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引起肺部感染的致病菌包括細菌、非典型病原體，比如支原體、衣原體、軍團菌，還有病毒，像呼吸道合胞病毒、腺病毒和流感病毒，還有真菌。非典型病原體、支原體、衣原體和病毒最容易相互之間傳染。肺部真菌的感染最少發生傳染，肺部真菌感染最常見是曲霉菌、念珠菌和隱球菌，都屬于條件致病菌，即機會性真菌，一般對人體病原性比較弱，在人體健康或者正常情況下不致病，只有在人體免疫力下降的情況下才會出現致病性。 健康人群對真菌有抵抗力，可以非常明確的是在健康人群當中，肺部真菌感染沒有傳染性，但是，對于免疫力功能下降的患者，需要注意防護，易感人群包括肺結核、糖尿病、艾滋病、長期服用糖皮質激素和免疫制劑、嚴重營養不良燒傷的患者。如果患者明確診斷為肺部真菌感染，需要及早進行抗真菌治療，重癥患者需要經驗性抗真菌治療。