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免疫組化是病理診斷的一項輔助檢查技術，具體到某疾病診斷是否需做免疫組化檢查，需在病理醫師觀察常規染色切片后做出選擇。 僅在依據組織形態學對疾病做出準確診斷困難時、惡性腫瘤風險分類、臨床提供靶向治療或預后判斷依據時，才需做免疫組化。單純免疫組化不能對疾病作出最終診斷，需由病理醫師結合形態學綜合判斷。 免疫組化并不能解決所有上述問題，有些疾病診斷需進行分子檢測。 如淋巴瘤要得到精準診斷，除需進行免疫組化外，還需進行分子檢測。乳腺癌免疫組化檢測Her-2是(3+)時，可直接應用靶向藥物赫賽汀治療，如Her-2是(2+)時，則需進行分子檢測，進一步明確是否適合赫賽汀治療。