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頭部做磁共振檢查能檢查出很多疾病，常見有腦出血、腦梗塞、腦萎縮、腦水腫、腦白質，以及腦灰質病變、腦部發育異常、腦血管性病變等。也可檢查出腦腫瘤性病變，包括血管瘤、腦膜瘤、垂體瘤、星形細胞瘤、腦部惡性腫瘤等。 對于有外傷的患者，還可以檢測出腦部軟組織損傷，如頭皮血腫、軟組織血腫、腦挫裂傷，對于眼和鼻部病變也有很好的檢出效果。顱腦與脊髓磁共振對腦腫瘤、腦炎性病變、腦白質性病變、腦梗塞、腦先天性異常等診斷要比CT更為敏感，可以發現早期病變，定位也更加準確，對于顱底和腦干病變因無偽影可以顯示的更加清楚。 磁共振可不用造影劑顯示腦出血，發現有無動脈瘤和動靜脈畸形，磁共振還可以顯示顱腦神經，可發現神經上早期病變。磁共振也可以直接顯示脊髓全貌，從而對脊髓腫瘤或椎管內腫瘤以及白質病變、脊髓空洞癥、外傷等有重要診斷價值。對于椎間盤病變磁共振可以顯示其變性、突出或者膨出，顯示椎管狹窄也較好。對于頸、胸CT顯示不滿意者，磁共振顯示比較清楚。 另外，磁共振對于椎體轉移瘤也十分敏感，頭頸部磁共振對眼、耳、鼻、喉部腫瘤性病變顯示也好一些。對于鼻咽癌侵及顱神經改變，磁共振要比CT顯示更加準確。磁共振還可以做頸部血管造影，顯示血管異常，對頸部腫塊磁共振也可以顯示其范圍和特征，以幫助診斷。