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中段尿檢查主要應用于病原體檢測，通過尿培養，獲得尿路感染發生的病原微生物類型，并根據病原微生物類型，選擇敏感的抗生素進行治療。一般在人體外陰部都有細菌存在，所以收集中段尿時，應當避免外來細菌污染。女性一般需要用肥皂水或者碘伏清洗外陰，然后取中段尿10-20ml，進行病原微生物檢測。男性需要清潔包皮、龜頭等部位，然后再取中段尿進行尿培養。如果是厭氧菌培養，一般建議恥骨上穿刺抽取尿液進行培養，而且需要應用厭氧菌專用的小瓶。對于一部分有排尿困難的患者，可以嘗試留置導尿，進行中段尿的標本留取，通常先釋放出頭15ml的尿液，再取尿液進行尿培養。如果是因為多次導尿而導致的感染，一般不建議應用此種方法進行尿標本留取。留取到尿標本后，要盡快送檢。