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咽炎不會影響新型冠狀病毒核酸的檢測，新型冠狀病毒感染后會積聚在呼吸道，呼吸道中有新型冠狀病毒增殖，在呼吸道標本中可以檢測到新型冠狀病毒。核酸檢測是通過對呼吸道標本中新型冠狀病毒核酸進行檢測，從而發現新型冠狀病毒的方法。咽炎即本身存在的炎癥，不會影響新型冠狀病毒核酸檢測陽性率。新型冠狀病毒核酸檢測的陽性率與新冠病毒載量，以及標本取材相關，比如在核酸檢測前咀嚼口香糖，由于影響口腔局部的內環境，可能會導致呼吸道標本取材不標準，從而影響新型冠狀病毒核酸檢測的陽性率，即導致新型冠狀病毒不容易被檢測出。因此作為咽部本身的疾病咽炎，通常不會影響新型冠狀病毒核酸檢測的陽性率。