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目前全世界還沒有藥物，能夠徹底清除乙肝病毒，乙肝病毒為如此頑固的原因，主要是因為出現慢性感染后難以完全清除，但是由于此病毒的基因可以與人體干細胞基因發生整合，甚至形成共價閉合環狀DNA，稱為cccDNA。而這種DNA在肝細胞內部，與肝細胞本身的基因片段、染色體之間發生整合。與人體干細胞基因發生整合的乙肝病毒基因，通常難以清除，因為其與肝細胞共存亡。所以通常只要人體存活，肝細胞還在存活，乙肝病毒就仍然存在。目前沒有藥物能夠將共價閉合環狀的DNA，通過受感染者的基因序列將其清除，通常較為困難。但目前現有的藥物，通常能夠完全控制乙肝病毒的復制，使血清里的HBV-DNA水平控制在陰性狀態，避免肝臟病情的發展，避免肝硬化或者肝硬化晚期并發癥的出現。所以目前此種治療水平，已經是比較理想的一種狀態。