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手足口病一般依靠臨床癥狀即可診斷，比如發燒第二天可看到咽峽部出現紅點或者很明顯的皰疹，發燒第三天手、腳、膝蓋或者肛周能看到皰疹，根據上述臨床表現可以診斷該病。 現在已經有相關檢測項目可以支持手足口病診斷，比如檢查EV71型即重癥型手足口病檢測以及柯薩奇病毒16型檢測，但只限上述2個類型，因為柯薩奇病毒16型最常見，EV71型是重癥型，二者是最受關注的類型。但并不代表上述2個類型查出陰性一定不是手足口病，主要依據臨床癥狀進行診斷。