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囊胚活檢是做三代試管，也就是在胚胎植入前，針對其染色體進行篩查必須要做的步驟。將胚胎培養到囊胚階段，然后取數個囊胚的滋養層細胞，將此細胞進行染色體或基因的篩查，或針對某個基因，如胚胎的父親或母親，存在某一條染色體的異常，或存在某種基因方面的疾病，可針對此類問題進行篩查，將異常染色體或含有致病基因的胚胎剔除，將正常的染色體，也就是沒有攜帶致病基因的囊胚冷凍，然后進行囊胚移植，上述過程稱為囊胚活檢。囊胚活檢的目的是將活檢的組織細胞進行染色體和基因檢查，囊胚的活檢通常取滋養層細胞，滋養層相對而言是發育為胎盤的細胞，對胎兒影響相對較小。雖然囊胚活檢不是取胎兒的組織，但基本可代表胎兒的染色體以及基因狀況，因此進行囊胚活檢，是為進行囊胚本身的染色體或基因的篩查。