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纖維支氣管鏡的檢查是呼吸科的常用檢查，在應用此項檢查時，可檢查確診肺部的許多疾病，主要有以下幾種：1、感染性疾病：對于氣管、支氣管內的感染性疾病，比如肺結核、肺炎，發生病毒、真菌感染，均可通過支氣管鏡檢查的方式，取得病原學的診斷，可通過支氣管肺泡灌洗液進行培養、涂片分離，還可進行下一代基因測序(NGS)，而確定是何種細菌或病毒感染；2、肺部新生物：臨床可使用纖維支氣管鏡對氣管、支氣管內的新生物、腫瘤進行活檢，而確定腫瘤是分型，或是否為良性或惡性；3、肺實質病變：纖維支氣管鏡檢查可對周邊肺實質病變進行活檢，比如間質性肺疾病可使用冰凍檢查。對于遠處小病變，均可以采取盲檢方式取得活檢標本，而最終確定疾病的原因。只有明確原因和診斷，才能夠給予相應的對因治療，從而治愈疾病。除治療外，纖維支氣管鏡的檢查，還可進行某些治療，比如經氣管鏡對腔內、氣管內的腫瘤切除、支氣管狹窄冷凍以及放支架以進行擴張支氣管的治療。