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腫瘤十二項檢查里面包含的指標有甲胎蛋白(AFP)，CEA、CA19-9、CA724、CA50、CA242、CA15-3、CA12-5、神經元特異性烯醇化酶(NSE)、前列腺特異性抗原 (PSA)等。AFP的異常升高主要與肝癌的發生一定相關，此外，還有與消化系統腫瘤有關的指標，包括CEA、CA19-9、CA724、CA50、CA242，但是這些指標的特異性欠佳，比如CA19-9可以見于大腸癌和胰腺，CA724主要見于胃癌，而對于CEA 、CA50、CA242可能多見于消化系統的腫瘤，但是在其他腫瘤的發生上，可能也會有所表達異常。對于女性的腫瘤還包括與乳腺癌有關的CA15-3，與卵巢癌相關的CA12-5，這些指標也是作為常規的檢測項目，與肺部腫瘤有關的包括NSE，主要與小細胞肺癌發生一定相關，細胞角蛋白、鱗狀細胞癌相關的抗原與體內的鱗癌發生一定相關，但是不具有特異性，還有與男性前列腺癌有關的PSA。在臨床上，常規進行的腫瘤標志物十二項的檢測，并不能作為獨立診斷的指標，還要借助全身的影像學評估，才能更為有效地判斷體內是否有癌癥存在。