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普通CT不能很好地檢查腸道疾病，CT主要對實質性臟器的檢查非常有幫助，比如肝臟、胰腺等，對于空腔臟器的檢查有限，當腸道占位性病變＞2cm，CT可能才會被發現。如果是占位性病變，比如腫瘤比較小，或者腸道只是糜爛、潰瘍，單純的普通CT很難發現。對于特殊的CT檢查，比如結腸CT的三維重建、小腸的CT重建，這種特殊的檢查需要服用特殊的藥物，在檢查的過程中使整個腸道充盈，行CT且進行重建技術對診斷有幫助。一般普通CT很難發現腸道疾病，一旦行CT檢查發現腸道患有疾病，并不能完全確診，還需要進行腸鏡，甚至小腸鏡檢查、病理檢測才能確診。由此可見，如果懷疑腸道疾病，不首選CT檢查，建議首選腸鏡檢查，尤其是結腸鏡檢查。對于小腸的檢查，因為檢查手段的有限，可以先行小腸的CT重建，如果發現病變，可以進一步行膠囊內鏡、小腸鏡檢查。