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目前主要是部分遺傳性的基因疾病，包括單基因遺傳疾病，以及染色體異常等，可通過第三代試管嬰兒來做篩選。染色體是指父親，或母親在出現平衡易位，或羅伯遜易位的情況下，可通過做第三代試管嬰兒，找到沒有問題的胚胎做移植，可預防女性出現反復移植失敗，或出現胚胎停育的情況。另外，部分遺傳性疾病包括單基因遺傳疾病，理論上如果能夠找到基因探針，便可以做到預防，比較典型的是地中海貧血，做到探針后通過篩查，找到沒有制病基因的胚胎移植，便可以生出健康的寶寶。需要注意第三代試管嬰兒目前發展到現在，并不是所有的病人都適合做，如部分遺傳疾病是多基因遺傳疾病，可能還沒有辦法完全找到其基因探針，第三代試管嬰兒便沒有辦法將其篩查出來。對于為了篩查染色體異常胚胎，出現反復的種植失敗，包括高齡女性，或反復胚胎停育的情況下，可能需要通過篩選胚胎，找到染色體上沒有問題的胚胎來做移植，以排除是由于胚胎原因造成的反復種植失敗，或反復妊娠丟失、胎停的情況，或通過前期去篩查，因此第三代試管嬰兒并不是萬能。