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自身免疫病是由于自身免疫功能紊亂引起的免疫性疾病，包括系統性紅斑狼瘡、干燥綜合征、類風濕關節炎、甲狀腺疾病、萎縮性胃炎、自身免疫性肝病等。此類疾病主要是由于細胞免疫功能亢進，體液免疫功能失調，造成產生自身抗體過多，細胞因子活化。免疫缺陷病主要是細胞免疫功能缺陷、體液免疫功能缺陷、補體缺陷、白細胞吞噬功能缺陷等，主要是免疫功能低下，體內缺少細胞免疫功能。患者易感染疾病，如結核菌感染、霉菌感染、脊灰性疾病感染，抗體免疫缺陷，易患肺炎、上呼吸道感染等感染性疾病。自身免疫病與免疫缺陷在一定程度上，就診科室不同，通常自身免疫病到風濕免疫科或皮科、腎科。免疫缺陷病大部分發生于兒童，主要是指原發性免疫缺陷病，一般在兒童醫院與兒科就診，出現不同臨床表現，應到相關科室就診。