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與絕大多數兒童期癌癥一樣，橫紋肌肉瘤的病因學和危險因素尚不明確，因此沒有非常可靠的預防措施。流行病學研究顯示，以下因素和橫紋肌肉瘤發病率較高有一定關系： 1、宮內有過輻射暴露； 2、家庭經濟地位較低，比較貧窮； 3、出生后很快使用抗生素； 4、妊娠期間使用過消遣性的藥物等； 5、出生缺陷、早產可能和橫紋肌肉瘤的風險增加有關； 6、部分遺傳綜合征也和橫紋肌肉瘤相關，大多數橫紋肌肉瘤為散發病例，沒有任何規律，但7%-8%是由遺傳綜合征相關的癌癥易感基因突變致病。