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統稱的這類疾病叫胃腸間質瘤，胃腸間質瘤最好發的部位是在胃，然后是在小腸。胃的發生率在60%-70%，但小腸在20%-30%。除上述最主要的發生部位之外，直腸還有食管等部位也可以有少量的病例發生。因此腸間質瘤就是主要發生在十二指腸、小腸和直腸的原發性的胃腸間質瘤，統稱為腸間質瘤。腸間質瘤總體相比較胃間質瘤，預后相對要差、惡性程度相對要高，更容易發生復發轉移的問題。發生于腸的間質瘤，治療效果也比胃間質瘤相應要差。因此在定義極低危、低危、中危和高危4個等級時，除腫瘤大小、腫瘤核分裂象的數量外，原發部位也是比較重要的影響因素。因此原發于腸的間質瘤，惡性程度相對要高、治療時間會相對比較長。比如同樣都是大小5cm以上的胃間質瘤和腸間質瘤，危險程度劃級就可能會不同。