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衣原體肺炎通常起病隱匿，早期主要為上呼吸道感染的表現，與支原體肺炎非常相似，它的癥狀比較輕，伴有發熱、寒戰、肌痛、不適、乏力，以及非胸膜炎性胸痛等癥狀，可以有少量咯血，以咽炎為主要表現的可以有咽痛和聲嘶。衣原體肺炎還可以表現為雙階段病程，第一階段表現為咽炎，通過治療好轉后1-3周又發生氣管炎和肺炎，咳嗽加重，少數患者可以沒有癥狀。此外，衣原體肺炎還可以伴有肺外癥狀，例如中耳炎、關節炎、甲狀腺炎、腦炎等。衣原體肺炎的血液檢查特點，是血常規、白細胞基數正常，或者稍高，血沉可以增快。對于衣原體肺炎的診斷，從呼吸道標本中分離出肺炎衣原體是診斷的金標準，但是這種方法要求實驗室條件較高，在臨床中應用較少，通常在臨床中診斷衣原體肺炎的方法，是測定肺炎衣原體的抗體。