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確診百日咳桿菌感染可以通過以下四個環節：1、流行病學：百日咳是由于百日咳桿菌導致的急性呼吸道傳染病，因此診斷要側重流行病學調查，如患兒是否接種過百日咳疫苗、是否有百日咳疫情接觸史；2、典型癥狀：患兒是否有典型百日咳的臨床癥狀，如陣發性痙攣性咳嗽；3、臨床試驗：一系列臨床特異性和非特異性的檢查結果，可以幫助確診百日咳桿菌感染。非特異性的實驗室檢查包括外周血象白細胞總數和淋巴細胞增高，特異性的實驗室檢查包括鼻咽部分泌物百日咳桿菌的細菌培養，鼻咽部分泌物熒光染色可以發現百日咳桿菌。通過分子生物學(PCR)的方法，檢測到鼻咽部分泌物是否有百日咳桿菌的DNA，血清學對百日咳桿菌抗體的檢測也有助于確診百日咳桿菌感染；4、排除其他疾病：排除其他疾病導致相同的臨床癥狀，尤其要排除肺結核、肺門淋巴結核導致的痙攣性咳嗽，其他支氣管肺炎導致的臨床支氣管咳嗽，因此胸片、CT發現是否有肺炎和肺結核的病灶。如果排除其他感染性疾病引起的臨床癥狀，再加上實驗室特異性、非特異性的檢查結果，臨床特征性咳嗽以及流行病學疫情調查史，確診是否是百日咳桿菌感染就不是很困難。