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新生兒敗血癥與引起敗血癥的病原菌有關，較危重如金葡菌敗血癥，耐藥性金黃色葡萄球菌可能會因為治療不及時出現死亡。但多數孩子的敗血癥，及時進行血培養，發現病癥，找到敏感菌，多數孩子轉歸應該都非常好。不同的敗血癥菌如果能夠進行及時治療，多數轉歸都非常好。只有個別的危重型病人或發現比較延遲的，沒有敏感菌而且有全身其疾病時，可能因為敗血癥出現死亡情況。這不是固定的時間，并發感染性休克或其他情況之后才會出現死亡。