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垂體微腺瘤的原因涉及到腫瘤的病因學，無論是良性腫瘤還是惡性腫瘤，病因都不夠明確，垂體微腺瘤也是如此。垂體微腺瘤的原因總體上可以分成內因和外因兩部分，內因就是特定基因學結構的改變，病人可能發生了一定的基因突變。外因則可能是生活習慣，還有內分泌的因素。常見的原因像生活中的化學毒素可能會誘發腫瘤，還有病毒因素也可能是腫瘤的誘發因素。但是對于垂體微腺瘤，目前理論認為更有可能是來源于下丘腦的神經或內分泌激素的刺激。在原已發生基因突變的基礎上，形成了垂體微腺瘤的干細胞或者前體干細胞。在激素水平的不斷刺激作用下，垂體瘤早期干細胞就形成了單克隆的增生和聚集。隨著聚集細胞數量的不斷增加，最終形成了垂體微腺瘤。但是以上都認為是假說，還沒有得到最終的確認。因此垂體微腺確切的病因，目前醫學家或者科學家都很難定論。但是根據上述所謂的假設，也應該注意到要盡量避免接觸化學毒物或遠離電離輻射等可能引起腫瘤的外源性因素。