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大部分學說認為腫瘤是由基因驅動而形成的一類惡性疾病，驅動基因的檢測就成為目前主要的治療前的檢測手段。針對驅動基因的改變包括突變、融合、基因擴增以及過表達，都有相應的靶向治療藥物，稱為靶向治療。針對EGFR的肺部靶向治療藥物稱為EGFR-TKI，針對ALK融合基因的藥物稱為ALK-TKI，或者有其他的ROS1陽性或者BRAF陽性的病人等，都有相應的靶向藥。靶向藥直接針對驅動基因改變引起下游通路異常激活，主要是針對靶點通過對異常基因的變化，從而阻斷下游通路的激活，導致腫瘤生長受限治療腫瘤。靶向藥相對具有一定的特異性而且有針對性，有效率相對比較高，全身的副反應又相對比較小。化療通常稱為細胞毒性的藥物，針對細胞生長周期和代謝有不同藥物的藥理機制。但是化療藥物通常具有細胞毒性，可以通過口服和靜脈進入體內，但是藥物通常對腫瘤細胞以及正常細胞都有一定殺傷能力。所以化療引起的副作用相對大一些，相比靶向治療，副作用可能主要表現為骨髓毒性、消化系統毒性，包括肝功能、腎功能以及循環系統等毒性相對大一點。靶向藥與化療藥二者相比，靶向藥有效率更高、副作用更小、患者更容易耐受。化療藥副作用相對比較大一點，而且有效率不及靶向治療。在進行臨床選擇的時候，如果發現有驅動基因陽性首選靶向治療，屬于一線的推薦標準。如果沒有明確基因突變的生物標志物，沒有靶向治療可以用，化療也作為治療的基石而存在。