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先兆流產的病因是胚胎或者胎兒尚未具有生存能力而妊娠終止稱為流產。一般情況下發生在妊娠12周前稱為早期流產，發生在12周之后的稱為晚期流產。流產的病因很多，包括胚胎因素、母體因素以及父親因素和環境因素。胚胎因素往往是染色體異常，是早期流產最常見的原因，約占50%-60%，中期妊娠流產約占1/3。染色體異常包括數目異常和結構異常，前者包括18三體、21三體、16三體等情況是導致流產。母體的因素，孕婦有全身性疾病，如嚴重感染、高燒疾病，嚴重的貧血、心律衰竭、血栓性疾病、慢性消耗性疾病，肝腎疾病以及高血壓等就能導致流產，TORCH感染對孕婦雖然影響不大，但可以感染胎兒導致流產。生殖器異常，如子宮畸形，雙角子宮，子宮發育不良，縱隔子宮，子宮肌瘤、腺肌癥、宮腔粘連等都可以影響胚胎著床發育而導致流產。宮頸的重度裂傷，宮頸部分或者全部切除后宮頸內口松弛等造成的宮頸機能不全，可以造成晚期流產，如胎膜早破而發生這種情況。內分泌異常，女性內分泌異常，比如黃體功能不全、多囊卵巢綜合征、甲狀腺功能減退、糖尿病，血糖控制不良也可以導致其流產，還有強烈應激和不良習慣。妊娠期無論嚴重的軀體或者心理的不良刺激均可以導致流產，孕婦過量吸煙、酗酒，過量飲咖啡、海洛因都能導致流產。免疫功能的異常，包括自身免疫功能異常和同種免疫功能異常，也能造成流產。父親的因素，有研究證實，精子的染色體異常也可以導致自然流產。環境因素，過多接觸放射線和砷、鉛、甲醛、苯、氯丁二烯、氧化乙烯等化學物質也能造成流產。