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診斷肺結核后主要治療就是抗結核治療，即服用抗結核藥，常用的一線抗結核藥物包括異煙肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇和鏈霉素。異煙肼是很好的殺結核菌藥物，早期殺菌效果很快，降低傳染性，它的不良反應主要是肝功能損害和周圍神經炎，患者可表現為手腳麻木或發涼。 利福平也有非常強的殺死結核菌作用，吡嗪酰胺是非常獨特的藥物，它在細胞內酸性環境下起到殺菌作用，主要功勞是能夠殺死慢生長的細菌，預防肺結核復發，它的主要不良反應是高尿酸血癥，患者血液中尿酸會增高引起關節疼痛。另外，嚴重的不良反應是肝功能損害。 乙胺丁醇雖然沒有特別強的殺菌作用，但它對其它藥物起到保護作用，避免其它藥物產生耐藥性，兒童或老年人應用乙胺丁醇要注意視力改變，因為它主要的不良反應是球后視神經炎，尤其是兒童不能夠清楚表達眼睛狀況，兒童慎用，老年人可以適當減低劑量。 鏈霉素也是一線的抗結核藥，但此藥只能肌注，不能口服，使用不方便，現在應用較少，它的主要不良反應是耳毒性和腎毒性。耳毒性表現為聽力下降，腎毒性表現為腎功能不全或者尿蛋白，所以要及時測聽力，查尿常規和尿素氮、肌酐的水平，及時發現不良反應。抗結核治療的原則是早期、聯合、適量、規律、全程，抗結核療程相對較長，初治結核要6個月療程，分為強化期和鞏固期，強化期兩個月，用四個結核藥，鞏固期兩個藥用四個月。