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胃腸道間質瘤患者術后復查項目包括血常規、肝腎功能，以及腹腔、盆腔的影像學檢查，其中血常規和肝腎功能屬于常規檢查。由于胃腸道間質瘤容易復發、轉移，其最常見的復發部位是腹腔內或者肝臟轉移，因此腹腔、盆腔CT或者磁共振，即MRI，可以判斷腫瘤是否有復發，以及和周圍組織器官的關系，是否有轉移。對于原發胃腸道間質瘤患者，推薦每年進行一次胸部X線檢查，在出現相關癥狀情況下，推薦進行骨掃描檢查。由于胃腸道間質瘤發生肺轉移和骨轉移的概率比較低，因此不推薦對這些部位進行常規檢查。對于復發轉移的胃腸道間質瘤患者，還推薦PET-CT檢查，PET-CT并不推薦用于常規檢查，但在早期療效評估時可有助于準確判斷療效。不同的患者復查間隔不同，低危的胃腸道間質瘤患者術后每6個月復查一次，持續5年，中高危患者術后3年內每3個月復查一次，其后3-5年時間內，每6個月復查一次，直到5年以后每年隨訪一次，晚期的患者推薦每3個月都要復查一次。