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消化內鏡科是進行內鏡檢查的場所和科室，部分醫院將消化內鏡歸在消化內科，隸屬消化內科的部門，而部分醫院的消化內鏡中心與消化科為兩個部門。消化內鏡科主要進行消化內鏡的操作、檢查和治療，如胃鏡、腸鏡、十二指腸鏡以及胰膽管疾病的內鏡診斷和治療，常見胃鏡檢查和腸鏡檢查。 胃鏡主要用于檢查食管、胃和部分十二指腸疾病。腸鏡主要進行結腸疾病的檢查和診斷。另外根據情況，少部分患者可能需要進行小腸鏡檢查，膽胰疾病的患者可能需要進行十二指腸鏡檢查，通過十二指腸鏡進行胰膽管的逆行性造影，甚至可以做膽道鏡檢查。