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肺結核伴空洞形成的原因，最主要的是較大的結核病灶在細菌毒力較強時不停感染新的肺組織，原來感染過的肺組織不停壞死，快速進展過程中肺組織缺血，加上細菌感染、組織壞死、脫落，有的從氣道中排出，有的被自身組織吸收，逐漸形成空洞。 在空洞內可以看到空洞壁不規則，有其它細菌感染，如真菌感染，最常見是曲霉菌。空洞形成此類微環境，會讓其它細菌增長，也可以在空洞壁內找到結核菌，因為空洞壁表面會有結核菌附著。同時，進行氣管鏡或空洞患者痰檢往往可以找到抗酸桿菌，是常見空洞形成原因。 空洞形成過程是逐漸變大的過程，隨組織修復部分空洞會慢慢變小，甚至部分患者治療完成后空洞會塌陷至完全閉塞。