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如果臨床醫生高度懷疑患者有腦供血不足的癥狀，核磁共振是首選檢查方法。如果輕癥比較輕微的腦供血不足，可能核磁共振上并沒有明確異常表現，但是當腦供血不足達到一定程度時，腦組織內就會發生缺血、梗死等一系列表現。核磁共振對急性期腦梗死、腦缺血，還有各種腦供血不足引起的繼發改變十分敏感，也是現在推崇的主流的檢查方法。如果患者是因為血管狹窄、動脈狹窄、動脈閉塞引起的腦供血不足，可以進行頭顱腦血管、腦動脈成像，可以明確具體是哪根動脈狹窄，哪支動脈閉塞。針對腦供血不足的區域，頭顱血管成像和頭顱磁共振平掃是對于腦供血不足比較客觀的金標準。 但如果想檢查腦供血不足血流量到底是有多少，可以通過磁共振灌注成像來定量測量每分鐘通過每百克腦組織的血流量，會精確到每分鐘內流過腦組織的動脈血到底有多少，定量診斷腦供血不足嚴重程度與否，所以核磁共振從定性診斷到腦功能的定量診斷磁共振都可以一站式完成。 供血不足多數是很籠統的稱呼，但要究其病因，磁共振也能提供很多有力的證據或腦供血不足到底有多大程度，或有多大范圍，磁共振的灌注成像、磁共振的擴散成像等磁共振功能成像技術會對患者做很好的評估以及治療指導。