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PET-CT實際上對惡性腫瘤的篩查以及診斷，具有相對特異性和敏感性，但是它并不能查出體內所有的癌癥，對機體90%以上的癌癥，它都可以有一定的提示和預警作用，但是它也容易受到一些因素的影響，使腫瘤篩查存在一定局限性。當體內處于高血糖，或者因為降糖藥物的時候，PET-CT因為它造影劑的局限性，可能顯影就不會特別充分，容易對某些病灶起到漏診，或者診斷錯誤的情況，因此臨床上不僅要通過PET-CT進行可疑病灶的篩查，最主要還是介入影像學的判斷才能更為準確。除此以外，PET-CT對頭部病灶顯影并不是很充分，主要的原因是大腦細胞都代謝相對比較活躍，當體內代謝比較活躍，比如癌細胞，它對特殊的造影劑，如普安造影劑，能有高攝取的作用，從而在PET-CT的顯示下，形成高代謝的病灶，此時提示高度惡性病變。大腦細胞本身屬于活躍程度相對比較高的這類細胞，通過PET-CT的造影劑攝取，可能全腦都呈現非常明亮的代謝，也很難能看到相對比較小，或者比較細微的病灶，容易忽略。因此，PET-CT對頭部顯影也不好，經常可能在PET-CT檢查的基礎上，要結合頭部核磁共振的檢查，才能更為準確。