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平時工作中醫生會根據患者的臨床癥狀和病史選擇合適的檢查，有的患者需要做磁共振，有的需要做CT。除了胸部檢查，骨外傷、大血管病變，核磁共振成像的分辨率都明顯優于CT。磁共振能檢查出很多的疾病，尤其是神經系統的疾病，比如早期腦梗死在CT上無法發現，但在磁共振上能夠發現梗死部位以及梗死急性期、亞急性期、慢性期。 腫瘤患者做磁共振，能夠明確腫瘤部位、大小、形態與周圍組織關系，并且可以明確周圍有沒有轉移，在這方面磁共振的分辨率是明顯高于CT。對于關節類的軟組織損傷，做磁共振也很有優勢，可以顯示關節內的半月板、韌帶、關節軟骨以及滑膜的情況。 但是做CT也有一定優越性，因為CT檢查時間比較快，可能對患者的臨床配合度要求要低，會根據患者不同情況選擇合適檢查。有一些帶起搏器的患者，帶電子耳蝸的患者或幽閉恐懼癥的患者，不能做磁共振檢查，臨床醫生也會做合適的篩選。