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金黃色葡萄球菌在臨床上是比較常見的病原微生物，發現金黃色葡萄球菌感染后，要通過藥敏試驗區分是耐甲氧西林的金黃色葡萄球菌，還是對甲氧西林敏感的金黃色葡萄球菌，對甲氧西林敏感的叫做MSSA，對甲氧西林耐藥的稱為MRSA，針對兩種不同的金黃色葡萄球菌抗生素的選擇也不同。對于MSSA，首選青霉素，也可以選擇一代頭孢菌素，通常效果是比較好且物美價廉，對于MRSA，由于對青霉素具有耐藥性，通常選糖肽類藥物，臨床上常用萬古霉素、去甲萬古霉素等類藥物。此外抗感染的治療還必須以清除病灶為基礎，比如有某部位的膿腫或存在某部位的固定的病灶，都要在積極的清創或去除感染灶的基礎上再應用上述抗生素，才能起到良好的抗菌效果。