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磺達肝癸鈉和肝素均具有抗凝作用，區別主要表現在以下方面：1、來源不同：磺達肝癸鈉屬于人工合成藥物，而肝素屬于天然產物，肝素最早是在肝臟中所發現，也由此命名為肝素；2、分子量不同：磺達肝癸鈉的分子量相對較小，而肝素具有較大的分子量；3、代謝不同：磺達肝癸鈉具有較長的半衰期，而肝素的半衰期較短，藥物在體內的代謝較快，因此常需要多次給藥；4、不良反應不同：磺達肝癸鈉的出血風險較低，而肝素的出血風險相對較高。一旦患者出現用藥過量所導致的出血，使用肝素時可使用魚精蛋白進行拮抗，而磺達肝癸鈉便沒有特效的拮抗劑。總之磺達肝癸鈉和肝素均具有抗凝效果，相比較而言，來源、分子量、不良反應還有藥物代謝時間，均具有相關的區別。