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扁桃體癌晚期也有一個具體分型，如果極晚期有遠處轉移，生存期可能大概半年或者8個月的時間。每個人根據情況不同，其存活時間不完全一樣。還有一種診斷為扁桃體晚期，但屬于可手術切盡的晚期，如淋巴結轉移可以切除，局部的原發灶可以完全切干凈，然后術后做補充放化療，5年生存率也可以達到一半左右。扁桃體癌有一個標志物，如果HPV陽性，即由HPV病病毒感染引起的扁桃體癌，其預后和治療效果較好。扁桃體做活檢的時候，建議做HPV的免疫組化指標，主要是P16指標。如果扁桃體癌的活檢病理報告顯示P16陽性，預后較好，對放療和化療的敏感性較高。單純的放療或者化療，病灶也可能就完全消失，其臨床預后比P16陰性的扁桃體癌較長。