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交叉感染引起的臨床表現與其他途徑引起感染的臨床癥狀方面，沒有明顯的差別。臨床的癥狀取決于感染的部位，如果是引起的肺部感染，那么患者主要表現為呼吸道的癥狀。會表現為發熱，伴有咳嗽或者咳痰，可以咳濃痰，也可以咳其他特殊的痰，比如白色念珠菌的感染，可以表現為拉絲狀的痰或者膠凍狀的痰。如果引起的是泌尿系統的感染，患者可以出現尿頻、尿急、尿疼的癥狀。另外，如果引起胃腸道的感染，則可以表現為腹痛，或者出現腹瀉。所以不同部位的感染，臨床癥狀也有所區別。對于交叉感染而言，往往是在院內引起的一些耐藥菌的感染，這些耐藥菌感染之后，通常治療上難度會比較大。有可能剛開始選擇的抗菌藥物治療效果不好，治療無效時，患者表現為持續性發熱，而且可以出現各種伴隨癥狀加重。此時有可能是提示耐藥菌的感染，通常需要進行細菌的培養，進行敏感試驗之后，再選擇比較敏感的抗菌藥物進行治療，可能才會獲得治療的效果。所以交叉感染的患者與其他的感染有所不同的方面，可能就是治療難度上有所增加。