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核磁共振可以檢查腸胃，但是不具有優勢，一般情況下不會首選磁共振進行胃腸道檢查，會選擇胃腸道造影、胃鏡甚至CT。胃腸道為空腔臟器，和氣球一樣，氣球在吹起來和不吹起來時相差很大，沒吹時候有一定厚度，吹起來以后就會變薄。而核磁共振判斷腫瘤，尤其是空腔臟器的腫瘤需要根據厚度進行判斷，充盈狀態不同，厚度會有區別。 當然，在明確分期腫瘤分期時可以進行核磁共振檢查，比如胃癌、結腸癌，可以明確浸潤深度，有沒有淋巴結轉移，有沒有遠處臟器轉移，比如肝臟轉移，可以選擇合適的治療手段，比如需要外科手術、放療還是化療。對于直腸癌的分期，核磁共振是首選檢查，因為直腸位置比較固定。 核磁共振的劣勢是在于腸壁和胃壁厚度受充盈狀態影響，另外，胃腸蠕動會影響檢查效果，可以使用抑制平滑肌蠕動的藥物，成像質量可以非常高。核磁共振在直腸癌TNM分期時，尤其是外科手術之前是首選檢查方法。