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耐藥結核病首先要做影像學檢查，如攝片、CT、磁共振、超聲等。通過影像學檢查明確耐藥結核病發生的部位，不同部位的結核病影像學檢查各有側重。其次需要做鑒別診斷的相關檢查，如結核菌素試驗、結核抗體、γ干擾素釋放試驗等。如果是漿膜腔積液的病人，要穿刺抽液，做漿膜腔積液的相關檢查。診斷較疑難的病人，需要做腔鏡檢查。如氣管鏡、胃鏡、腸鏡、腹腔鏡、胸腔鏡、縱隔鏡等等，甚至需做穿刺活組織檢查和手術探查等。另外最重要的是耐藥結核病人，要做耐藥結核菌的培養、菌型鑒定、藥物敏感試驗，通過上述各種檢查方法取得的標本進行檢查，從而判斷耐藥結核病的種類，耐藥的程度，從而指導治療。