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腦干腦炎既有可能是感染繼發的腦干腦炎，也有可能是免疫機制引起的BBE，即Bickerstaff腦干腦炎。腦干腦炎經過急診處理以及后期的康復，有可能完全不遺留后遺癥。由于是腦干損害，部分患者會遺留一定的后遺癥。常見的后遺癥有以下幾種：1、顱神經麻痹：腦干是很多顱神經的核團所在的大本營、根據地。比如動眼神經核、滑車神經核在中腦，這個位置發生損害，患者有可能繼發動眼神經麻痹，有時會遺留下來，不好恢復。面神經核、展神經核在腦橋，損害了之后很容易遺留面展神經的癱瘓。而延髓的病變有可能會遺留吞咽困難、構音不清，以及伸舌偏斜等后遺癥，這些都統稱為顱神經麻痹；2、意識障礙：由于中腦的上行性網狀激活系統是維持清醒的非常重要的中樞，這個位置破壞了之后，部分患者恢復不太好，可能會遺留嗜睡的后遺癥，甚至是長期處在淺昏迷狀態；3、共濟失調：由于腦干是大腦半球和小腦相連接非常重要的橋梁地帶，小腦的三對角都通過腦干連接，小腦上角、小腦中角、小腦下角的損害，都有可能會遺留共濟失調，類似于小腦病變；4、腦干綜合征：比如交感神經鏈破壞之后，部分患者可能會遺留Horner綜合征，表現為同側的瞳孔內陷、瞳孔縮小、皮膚無汗；5、核間性眼肌麻痹：這是由腦干的內側中樞病變導致，眼睛不能夠共軛運動，左眼睛外展的時候，右眼睛不能夠同時內收。