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自閉癥的病因目前還不明確，通過臨床觀察可能與以下的因素有關： 1、遺傳因素，遺傳因素對孤獨癥的作用已趨于明確，但是具體的遺傳方式還不是特別明了； 2、圍生期因素，圍生期有各種并發癥，比如產傷、宮內窒息等； 3、免疫系統異常，T淋巴細胞數量減少，輔助T細胞和B細胞數量減少，抑制誘導T細胞缺乏，自然殺傷細胞活性減低等； 4、神經內分泌和神經遞質與多種神經內分泌和神經遞質的功能失調有關。研究發現，孤獨癥患者的單胺系統，如五羥色胺和兒茶酚胺發育不成熟，松果體、丘腦下部、垂體、腎上腺軸異常，導致5-HT、內啡肽增加，促腎上腺素激素分泌減少。