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現代醫學研究克羅恩病的術后復發機制還不明確，糞便、腸道連續性、遺傳和免疫等，均可影響復發。轉流回腸造口可有效治療克羅恩病的結腸炎，而發生小腸克羅恩病的風險會降低。回腸、結腸吻合，上段進行回腸造口轉流后6個月，內鏡及組織學檢查沒有復發，而未行轉流術后復發率高達71%，且回腸造口關閉6個月后，所有患者均會出現內鏡下或者病理學上的復發。克羅恩病患者進行回結腸切除術后，其新造的末端回腸，菌落定植量是增加的。結腸切除術后活檢顯示新造的末端回腸，細菌的計數以及種類，無論是克羅恩病患者還是在對照值中都有明顯增加，而回腸造口術后并沒有這類改變。還有病例對照研究顯示，克羅恩病患者多數的大腸埃希菌以及腸道的菌落較多，所以早期復發可能與大腸埃希菌和類桿菌的計數較高有關，而且這類病人很容易分離出梭菌。