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早期診斷真菌性角膜炎的方法有兩大類，一類是有創的，第二類是無創的。所謂有創，早期診斷真菌性角膜炎的方法是采取刮片的方式，這也是沿用比較久的、非常經典的快速診斷真菌性角膜炎的方法。會對真菌性角膜炎的患眼角膜潰瘍進行刮片，取下少量的潰瘍組織然后涂在載玻片上，放到顯微鏡下查找潰瘍組織內是否有真菌的菌絲，這屬于有創的診斷真菌性角膜炎的快速的方法。隨著醫療技術的發展，目前有共聚焦顯微鏡，共聚焦顯微鏡的出現屬于無創性的檢查操作，不需要對角膜潰瘍灶進行取材，而且是通過激光的方法，即通過成像直接檢測，真菌性角膜炎患眼病變處是否有真菌菌絲的存在，從而達到明確病原菌的目的。