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胃腸道間質瘤是目前最常見的間葉源性腫瘤，最多發生于胃、小腸、結腸，結腸間質瘤則比較少見，僅占胃腸道間質瘤的大約5%，與其它部位的間質瘤相比，結腸間質瘤的預后要稍差。一項針對于不同部位的間質瘤預后的研究顯示，胃與小腸間質瘤的五年生存率大約80%，直腸間質瘤的預后比較好，五年生存率可以高達90%，而結腸間質瘤的五年生存率為50%-60%。生存率與年齡有一定的關系，會隨著年齡的減小而降低，即間質瘤的患者，越年輕預后越不好。還與腫瘤的直徑與分化程度有關系，隨著直徑的增加分化程度會逐漸降低，生存率也會隨之降低。但是隨著時間的推移，五年生存率在逐步提高，可能得益于更有效的藥物的不斷出現，以及手術技術的不斷提高。因此對于間質瘤的治療仍要充滿信心。