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臨床上淋病檢測的方法有三種。 第一種是顯微鏡下檢查，即取男性尿道分泌物進行涂片檢查，通常在顯微鏡下白細胞內可看到革蘭氏陰性雙球菌。部分淋病患者病程較長，可以在細胞內外都出現革蘭陰性的雙球菌； 第二種是淋球菌細菌培養，這種方式是臨床確診淋病的金標準。因為培養要求相對較高，所以臨床上開展這種檢測相對較少。但是臨床上檢測、確診淋病，通常是取男性分泌物、女性分泌物，包括直腸、咽部分泌物，都可以做淋球菌的分泌物培養； 第三種是核酸檢測，也就是分子生物學檢測，即PCR檢測。這種方法較精準，少量淋球菌都可以檢測出來。 所以，臨床上一般先做涂片檢測。如能看到淋球菌，接著做PCR檢測。部分患者發病時間較長，癥狀不典型，做直接涂片鏡檢無法確認是否有淋球菌感染，可用更精準、準確的PCR檢測進行檢測和確診。