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糞便是由食物殘渣和腸道菌群組成，便秘患者多伴有腸道菌群嚴重紊亂，對食物發酵作用減弱，大便會變硬。如使用抗生素后大便變硬，則是因抗生素破壞腸道菌群所致，可導致便秘。便秘微生態治療是一種新興的治療理念，是通過糾正腸道菌群，改善排便習慣，且可以改變大便性狀，使大便松軟，從而改善便秘。主要方法是服用酸奶、益生菌制劑，以及糞菌移植治療。如使用抗生素后大便變硬，則是因抗生素破壞腸道菌群所致，會導致便秘。